Odsek mikrobiologije radi laboratorijske analize ambulantno  za sve pacijente sa topličkog okruga kao i za ležeće pacijente opšte Bolnice i to:

•    bris grla i nosa
•    urinokultura
•    sputum (bakteriološki i mikološki)
•    sputum na TBC
•    vaginalni i cervikalni bris
•    bris oka,uha,rane,dojke
•    bris čmara
•    spermokultura
•    majčino mleko
•    koprokultura
•    mikološki pregled stolice
•    stolica na parazite
•    hemokultura